陈晓明^1,2 , 李魁鹏² , 陈博雯² , 刘青华¹ , 周志春^1*

1 中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 富阳, 311400; 2 广西林业科学研究院, 南宁, 530002
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 27 篇   
收稿日期: 2018年02月01日    接受日期: 2018年02月22日    发表日期: 2019年01月17日

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为了开发马尾松 SSR 标记，本研究利用 MISA 软件对马尾松转录组测序获得的 148 186 条Unigene (序列总长约 91 449.7 kb)进行全面分析，共搜索获得 6 611 个 SSR 位点，分布在 6 003 条 Unigene 上，SSR 发生频率为 4.05%，平均每 13.83 kb 出现 1 个 SSR，结果发现单核苷酸重复出现的频率占总 SSR 的 53.60%；二核苷酸为 23.46%；三核苷酸为 21.33%。通过对含 SSR 的 Unigene 的 GO 分析，显示生物过程包含的 Unigene占 40.60%；细胞组分包含的 Unigene 占 35.45%，分子功能包含的 Unigene 占 23.95%；转录组中有 724 个Unigene 可被注释到 110 个 KEGG 通路中，其中被注释到新陈代谢的 Unigene 最多有 312 个，其次是遗传信息处理类有 183 个。根据含 SSR 的 Unigene 序列共设计了 4 247 对 SSR 引物，并随机挑选 30 对 SSR 引物进行 PCR 扩增验证，其中 12 对引物能够扩增出目标条带，引物的有效性为 40%。本研究结果表明，马尾松转录组测序获得的 Unigene 序列可作为 SSR 标记开发的有效来源，所开发的 SSR 标记为马尾松的遗传图谱构建、分子标记辅助育种等研究提供丰富可靠的标记。

马尾松；转录组；SSR；分子标记；序列特征