蒋雪梅^1* , 张元媛^2* , 余顺惠¹ , 戚文华^2**

1 重庆三峡学院环境与化学工程学院, 重庆, 404100; 2 重庆三峡学院生物与食品工程学院, 重庆, 404100
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《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 23 篇   
收稿日期: 2018年01月22日    接受日期: 2018年02月10日    发表日期: 2018年12月28日

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微卫星(simple sequence repeats, SSRs)广泛分布于生物基因组的编码区和非编码区，是最常用的分子标记。本研究利用生物信息学方法搜索和统计了狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中完整型 SSRs 序列，并对其生物信息学特征进行比较分析。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中 SSRs 总数量分别为 21 800 个和 27 431 个，占其转录组长度的比例分别为 0.118%和 0.152%。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组 SSRs 平均丰度(185.25 vs191.22 个/Mb)和密度(3 437.47 vs 3 523.07 bp/Mb)基本一致。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组 SSRs 丰富度具有明显的分布模式。在狗牙根匍匐茎和根状茎转录组 SSRs 序列中，单碱基 SSRs 重复拷贝数变异最大，其次是二碱基 SSRs 重复拷贝数，从三碱基 SSRs 开始，重复拷贝数明显下降。狗牙根匍匐茎和根状茎转录组中单碱基至六碱基各重复类型优势 SSRs 序列基本一致。

狗牙根；转录组；微卫星序列；分布