陆育生 , 彭程 , 陈喆 , 常晓晓 , 邱继水^* , 林志雄^* , 潘建平

广东省农业科学院果树研究所, 广东省热带亚热带果树研究重点实验室, 农业部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室, 广州,510640
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 7 篇   
收稿日期: 2018年01月11日    接受日期: 2018年02月06日    发表日期: 2018年12月27日

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为全面了解黄皮(Clausena lansium)表达基因的密码子使用特点，以转录组测序获得的 12696 条编码蛋白基因序列为数据来源，利用 CodonW 14.4 软件对其密码子碱基组成以及有效密码子数(effectivenumber of codon, ENC)、同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon, RFSC)等密码子使用参数进行计算和统计，发现黄皮表达基因密码子的平均 GC 含量为 0.448，同义密码子第 3 位核苷酸的平均 GC 含量(GC3S)为 0.400。表达基因整体的 ENC 取值为 56.5，其中绝大部分的 ENC 值大于 35，说明黄皮表达基因密码子使用偏好性程度整体水平较低。通过高频密码子分析法确定了 GCU、AGA、AAU、GAU、AUU、UUU、UCU、CAU、CUU、UUG 和 GUU 11 个高频密码子。将黄皮的密码子使用频率与人、小鼠、果蝇、酵母、大肠杆菌 5 种模式生物以及拟南芥、水稻、葡萄、草莓 4 种不同类型植物进行比较，发现其与果蝇和大肠杆菌存在较大差异，而与拟南芥和葡萄基本一致。以上研究结果对黄皮基因合适表达系统的选择以及外源基因在黄皮中的高效表达具有重要指导意义。
 

黄皮；转录组；密码子用法；高频密码子；密码子偏好性