朱林生 , 刘果 , 何沙娥 , 李慧 , 刘学锋 , 陈少雄^*

国家林业局桉树研究开发中心, 湛江, 524022
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2017年11月14日    接受日期: 2017年11月29日    发表日期: 2018年07月12日

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大花序桉(Eucalyptus cloeziana)是中国重要用材林树种，但目前对其生物信息学研究缓慢，在一定程度上限制了大花序桉分子育种以及品种改良。采用 Illumina HiSeqTM 2000 高通量测序平台对 1 年生大花序桉根系转录组测序和 de novo 组装，将得到的 Unigene 与公共数据库比对，同时进行转录组分析。结果显示，组装获得 53 433 条 Unigene，其平均长度 890 bp，N50 长度为 1 587 bp；有 34 700 条 Unigene 获得注释信息，占全部 Unigene 的 64.94%，其中 19 327 条 Unigene 注释到 KOG 数据库，被分到 25 个类别中，共得到32 302 个 KOG 功能注释信息；有 11 197 条 Unigene 注释到 GO 数据库中，共获得了 54 971 个 GO 注释功能，归于细胞组分、分子功能和生物学过程三大类；有 12 181 条 Unigene 得到 KEGG 注释，其中 6 493 条Unigene 归入 128 条代谢途径，发现有 57 条 Unigene 参与氮代谢途径。通过软件查找获得 13 290 个 SSR 位点，二核苷酸重复类型占的频率最高，其次是三核苷酸、四核苷酸和六核苷酸，五核苷酸重复频率最低。本研究首次对大花序桉转录组进行分析，为深入开展大花序桉分子生物学研究提供基础数据来源。

乙大花序桉；Illumina HiSeq 2000 测序；转录组特性；基因注释