石登红^1,2* , 王继玥^1*,** , 刘燕¹ , 杨秀群¹

1 贵阳学院生物与环境工程学院, 贵阳, 550005; 2 贵州省山地珍稀动物与经济昆虫重点实验室, 贵阳, 550005
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 7 篇   
收稿日期: 2017年11月02日    接受日期: 2017年11月16日    发表日期: 2019年01月16日

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野地瓜又名地果、地枇杷等，富含多种维生素和矿物质，具有食用、药用、观赏等多种用途。为探索野地瓜代谢过程的分子机制，采用 Illumina HiSeqTM 2500 测序平台，对从贵州省六盘水采集到的野地瓜茎、叶进行了转录组测序。结果表明，共获取了 102 862 706 个读段，组装、过滤后获得 85 787 个Unigenes，其总长度为 38 024 042 bp，平均长度为 443 bp，N50 为 889 bp，GC 含量为 41.09%。通过比对到 7 大数据库(NR,SwissProt, KEGG, COG, GO, PFAM, InterPro)，共注释了 60 428 个 Unigene，注释率为 70.23%。在野地瓜茎叶转录组中共预测到 29 451 个 CDSs 序列，共检测到 13 625 个 Indel 位点以及 144 091 个 SNP 位点。茎中检测到 Indel 和 SNP 位点总数以及 8 种不同类型的 SNP 位点数均明显多于叶片。通过比较野地瓜茎、叶转录组，共检测到 77 292 个差异表达基因，其中上调表达基因有 36 506 个，下调表达基因有 40 786 个。通过 GO 富集分析，发现差异表达基因分属于 15 个细胞组分，12 个分子功能以及 19 个生物学过程。通过 KEGG 富集分析，发现差异表达基因共涉及 133 条代谢通路。本研究为后续发掘野地瓜物质代谢合成途径相关功能基因提供依据。

野地瓜；转录组；差异表达；代谢过程