刘松卫¹ , 卢迎春¹ , 宋婉玲¹ , 韦坤华² , 杨生超¹ , 张广辉^1*

1 云南农业大学, 西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心, 昆明, 650201; 2 广西壮族自治区药用植物园, 广西药用植物保护与遗传改良重点实验室, 南宁, 530023
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 28 篇   
收稿日期: 2017年10月25日    接受日期: 2017年12月22日    发表日期: 2018年08月01日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

推荐引用：

：Liu S.W., Lu Y.C., Song W.L., Wei K.H., Yang S.C., and Zhang G.H., 2018, Analysis of simple sequence repeats loci in
Erigeron breviscapus genome and polymorphism primers development, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 16(12):4003-4009 (刘松卫, 卢迎春, 宋婉玲, 韦坤华, 杨生超, 张广辉, 2018, 基于灯盏花全基因组 SSR 位点分析及多态性引物开发, 分子植物育种, 16(12): 4003-4009)

本研究利用 MISA 工具筛选灯盏花基因组测序获得的 462 622 条 scaffolds，对其 SSR 位点信息进行分析，Primer 3 设计 SSR 引物，随机选取 200 对引物对 60 株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明：从灯盏花基因组中搜索到的 231 852 个 SSR 位点中，二核苷酸基序是主要的重复类型，占总 SSR 的47.14%；AT/AT 是最多的二核苷酸重复基元，占二核苷酸重复基元的 74.60%，AAT/ATT 是出现最多的三核苷酸重复基元，占三核苷酸重复基元的 15%。PCR 扩增发现，200 对引物中有 30 对(15%)表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中 SSR 位点出现频率高，类型丰富；大量的 SSR 为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记，利于开展灯盏花的遗传育种研究。

灯盏花；基因组； SSR； 多态性