杨育峰^1* , 史典义^1* , 王雁楠¹ , 杨国红¹ , 徐心志¹ , 翟红² , 何绍贞² , 刘庆昌^2* , 苏文瑾^3*

1 河南省农业科学院粮食作物研究所, 郑州, 450002; 2 中国农业大学, 农业部甘薯生物学与生物技术重点实验室, 北京, 100193; 3 湖北省农业科学院粮食作物研究所, 武汉, 430064
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《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 17 篇   
收稿日期: 2017年10月12日    接受日期: 2017年11月07日    发表日期: 2018年06月22日

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利用转录组数据开发 SSR 标记，是目前较为经济高效的 DNA 分子标记开发方法。为了开发更多适用于甘薯的 SSR 标记，本研究在前期对甘薯体细胞杂种 KT1 及其两个亲本 4 个干旱胁迫处理的 24 个样本转录组 de novo 测序的基础上，对获得的 105 959 条 Unigene 中大于等于 1 000 bp 的 FASTA 序列进行搜索，共找到 12 105 个 SSR 位点。从中筛选设计了 200 对 SSR 引物在 KT1 及其亲本中筛选验证，最终选择了 20 对多态性较好的引物，对来自不同地区的 94 份甘薯种质资源进行了群体聚类分析。聚类分析把 94 份实验材料分为 3 个亚群，较清晰地区分了不同材料之间的遗传相似性。这些基于甘薯转录组测序开发的 SSR 标记为甘薯的遗传多样性分析、辅助育种和遗传图谱构建等研究的开展提供了更加丰富的候选标记。

甘薯；转录组；SSR 标记；聚类分析