邓妍¹ , 王艺霏¹ , 李金山^1* , 王君²

1 北京林业大学理学院, 北京, 100083; 2 北京林业大学生物科学与技术学院, 北京, 100083
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 33 篇   
收稿日期: 2017年10月04日    接受日期: 2017年11月04日    发表日期: 2018年06月25日

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生物体基因组水平上的单核苷酸多态性(single nucleotide-polymorphism, SNP)包含着大量与生物体遗传进化有关的信息。近年来，SNP 的检测分析被广泛应用于生物学及生物信息学与基因组学相关的研究领域中。在众多的 SNP 检测手段中，基于测序手段进行 SNP 检测的方法较为普遍，当下最为广泛应用的测序手段是高通量的第二代测序。利用不同的 SNP 检测算法，我们可以从生物体的测序数据发掘该生物体的SNP 信息，进而对其进行一系列的遗传变异分析。本研究就基于测序手段的 SNP 检测流程做综述性的介绍，并且深入分析主流的 SNP 检测算法及其优缺点。

单核苷酸多态性；第二代测序； 序列比对； 隐马氏模型