江西省林业科学院, 南昌, 330013
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 10 篇
收稿日期: 2017年08月01日 接受日期: 2017年08月25日 发表日期: 2018年06月21日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 10 篇
收稿日期: 2017年08月01日 接受日期: 2017年08月25日 发表日期: 2018年06月21日
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摘 要
以南酸枣雌株叶片和成熟果实为材料,采用Illumina HiSeqTM 4000测序平台进行转录组测序,共获得14.15G有效数据,通过序列拼接组装得到46 936条Unigene,平均长度为1 287 bp。36 299条Unigene(77.33%)在7大数据库(NR, NT, KO, Swiss-Prot, PFAM, GO和KOG)中得到注释,其中与GO数据库比对上的26 014条Unigene可分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类53分支,注释到KOG数据库中的8 459条Unigene依据功能可分为25类。与KEGG数据库比对,6 225条Unigene分属5大类246条代谢通路中。南酸枣叶片和果实转录组中共发现5 631个差异表达基因,包括1 930个上调基因和3 701个下调基因。本研究获得的转录组数据极大地扩充了南酸枣基因资源,将有助于开展南酸枣功能基因挖掘与利用、分子辅助育种及其种质资源遗传改良等方面的研究。
关键词
南酸枣;转录组;高通量测序;基因注释