陆奇丰 , 黄至欢 , 骆文华^*

广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所, 桂林, 541006
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2019年05月08日    接受日期: 2019年05月15日    发表日期: 2020年09月10日

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WRKY 基因家族在响应植物发育和生理过程、多种应激反应中发挥着重要作用。为揭示番茄WRKY 基因的特性和密码子使用模式，本研究通过 CodonW、CUSP 和 SPSS 软件对番茄 81 个 WRKY 基因密码子使用偏性进行分析。结果表明：WRKY 基因平均 GC 含量为 39.33%，GC3 平均含量为 31.80%，表明WRKY 基因密码子倾向以 A 或 T (U)结尾；相对同义密码子(RSCU)分析显示，RSCU>1 的密码子有 27 个，其中 25 个以 A、U 结尾；有效密码子数(ENC)和密码子适应指数(CAI)范围分别为 35.77~55.93 和 0.13~0.28，表明密码子偏性较弱且 WRKY 基因表达水平较低；中性分析、ENC 和 PR2 作图分析发现 WRKY 基因密码子使用模式受碱基组成、突变和自然选择压力的影响。此外，只有 1 个密码子鉴定为 WRKY 基因最优密码子。该研究结果为番茄 WRKY 基因转基因研究过程中密码子优化提供了理论支持。 

番茄；WRKY 转录因子； 密码子偏性；最优密码子