汉波

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《分子植物育种》印刷版, 2016 年, 第 14 卷, 第 0 篇   
收稿日期: 1970年01月01日    接受日期: 1970年01月01日

本研究采用Illumina高通量测序技术对3种不同倍性的桤木属植物混合样品进行转录组测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。测序结果组装获得85769个Unigenes，总长50200910nt，功能注释到NR, NT, Swiss-Prot, KEGG, COG, GO库的Unigenes分别是45172、38673、29181、25096、14968和30675个，所有注释上的Unigenes是48204个。根据KEGG pathway数据库，对桤木转录组的Conting进行pathway生物学通路的注释和预测，共识别出25096个Unigenes具有对应的功能，并关联到128条生物学通路。SSR查找发现，从85769个Unigenes中找到23262个SSR位点，占Unigenes总数的比例为27.12%。其中，二核苷酸重复所占比例最高，达到65.87%，其次是三核苷酸重复，为28.36%，四、五、六核苷酸重复类型的数量很少，总计5.77%。SSR不同重复单元类型中，出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT和AT/AT。