段乃彬 , 王俊峰 , 白静 , 谢坤 , 王效睦

山东省农业科学院农作物种质资源中心,山东济南,250101
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13 卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2015年09月22日    接受日期: 2015年10月10日    发表日期: 2015年11月10日

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为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系，本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略，获得Cleandata 1.2G。通过数据过滤、计算了测序深度及Kmer频度分析，确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组，再用过滤的数据组装线粒体基因组，最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153352-153445bp之间，线粒体基因组长度在239 696-258 853 bp之间，均包括1个LSC，1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个tRNA基因及4个rRNA 基因，线粒体基因组则编码了82个蛋白基因，17个tRNA 基因，3个rRNA基因。

 

萝卜；线粒体；叶绿体；基因组；测序与组装；Kmer分析