孙瑞芬 , 张艳芳 , 郭树春 , 于海峰 , 李素萍 , 聂惠 , 乔慧蕾 , 安玉麟

内蒙古农牧业科学院, 呼和浩特,010031
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13 卷, 第 11 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.002736
收稿日期: 2015年08月22日    接受日期: 2015年08月25日    发表日期: 2015年12月28日

 

本研究采用RNA-Seq技术，进行了120 mmol/L NaCl胁迫下向日葵耐盐品种P50和盐敏感品种P29转录组测序和De novo组装。P50和P29分别获得106 275和119 350条Unigene，平均长度分别为716 bp和685 bp。2个样品的Unigene通过序列拼接、去冗余处理以及同源转录本聚类，最终得到110 751条All-Unigene。对获得的All-Unigene进行功能注释，注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库的All-Unigene分别是71 610、52 569、50 827、46 676、32 215和52 406个，所有注释上的All-Unigene是77 536个。基于NR和KEGG的注释结果，对Unigene进行GO和KEGG功能分类，分别获得55个功能小类和128个Pathways注释。研究结果为进一步进行P50和P29转录组差异表达基因分析及耐盐相关基因挖掘奠定了基础。

向日葵；盐胁迫；RNA-Seq；转录组分析；Unigene