研究报告

兔眼蓝莓‘灿烂’果实采后转录组数据组装及基因功能注释  

燕飞1,2,3,4 , 曲东1,2,3 , 周祎炜1,2 , 秦公伟1,2,3,4 , 孙海燕1,2,3
陕西理工大学生物科学与工程学院, 汉中, 723000; 2 陕西理工大学, 果树资源保护与开发研究所, 汉中, 723000; 3 陕西理工大学, 陕南秦巴山区生物资源综合开发协同创新中心, 陕西省资源生物重点实验室, 汉中, 723001; 4 陕西理工大学, 秦巴生物资源与生态环境省部共建国家重点实验室(培育), 汉中, 723000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 8 篇   
收稿日期: 2021年10月19日    接受日期: 2021年11月04日    发表日期: 2022年09月21日
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摘要

为获得兔眼蓝莓‘灿烂’果实转录组序列,挖掘关键基因功能信息。本研究以采后兔眼蓝莓‘灿烂’果实为试材,采用 Illumina Hiseq 2500 高通量测序技术对两组(0 和 16 d)蓝莓果实转录组进行测序及数据组装分析,获得各样本总碱基数量均高于 7.05 G,Q20 值均高于 97%,序列碱基 GC 含量平均 48.76%,拼装共获得 298 613 条高质量 Unigenes。经 Trinity 拼接并去冗余获得的转录本(Transcript)平均长 553 bp,序列长度<300 bp 的序列占总基因数的42.92%。通过NR、SwissProt、PFAM、GO、KEEG 数据库分别注释到146 160、85 058、68 732、2 601、19 786 条Unigenes,仅有48.95%的蓝莓果实转录组序列被注释;KEEG 代谢途径可将47 594 条蓝莓果实 Unigenes 分成 198 个代谢途径;采后蓝莓果实转录因子包括了果实品质形成、乙烯响应、植物抗逆等植物特有转录因子 AP2、zf-Dof、NAM 以及 E2F/DP、热激转录因子、bZIP、HLH 等转录因子。通过以上结果初步分析采后蓝莓果实代谢途径、转录因子等相关信息,为进一步挖掘采后兔眼蓝莓‘灿烂’果实代谢调控途径、揭示采后蓝莓果实品质变化机制提供基础资料。

关键词
蓝莓果实;转录组测序;基因功能注释

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《分子植物育种》印刷版
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