吕彦霞^1,2 , 孙志栋¹ , 王芳展² , 沈立铭³ , 余小林²

1宁波市农业科学研究院, 宁波, 315040;
2浙江大学园艺系, 杭州, 310058;
3余姚市林特技术推广总站, 余姚, 315400
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13 卷, 第 17 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.001559
收稿日期: 2014年11月10日    接受日期: 2015年02月07日    发表日期: 2015年06月27日

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推荐引用：

Lv Y.X., Sun Z.D., Wang F.Z., Shen L.M., and Yu X.L., 2015, Development and application of SSR primers based on the EST and genomic sequences in pear, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 13(7): 1559-1577 (吕彦霞, 孙志栋, 王芳展, 沈立铭, 余小林, 2015, 基于梨EST和基因组序列SSR引物的批量开发与应用, 分子植物育种, 13(7): 1559-1577)

目前基于梨属植物基因组开发的SSR引物太少，远不能满足其品种鉴别、遗传多样性分析和分子标记辅助育种等研究与应用的需要。为进一步开发更多的梨SSR引物，本研究从NCBI公共数据库检索到梨的4 338条ESTs和478条基因组序列。通过前处理和聚类去冗余后得到全长为343.81 kb的无冗余的686条ESTs，搜索获得725个SSRs，其平均长度为17.34 bp。在一至九个核苷酸的重复基元中，其主要类型是单核苷酸重复和二核苷酸重复，两者所占的比例分别为84.44%和10.34%。BLASTx同源性比较分析发现，上述686条ESTs中305条在数据库中可以找到同源序列，占ESTs总数的44.46%，功能已知蛋白质中碧桃来源的ESTs所占比例最大，为41.37%。GOA功能分类结果表明，293条ESTs可划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大功能类，其中与细胞过程相关的ESTs数量最多，为103条。序列分析结果显示，EST-SSRs与基因组SSRs的平均检出频率分别为2 108.74 loci/Mb和91.11 loci/Mb，两者具有显著的差异。本研究基于梨的EST和基因组序列，应用MISA批量开发技术分别获得了111对EST-SSR引物和291对基因组SSR引物，随机抽取及合成11对引物的验证结果表明，开发得到的SSR引物在梨属植物中具有较好的通用性。

梨；SSR；EST；批量开发；分子标记