叶茂森¹ , 瞿静涛² , 杨琳^1,2 , 郑豫¹ , 刘柄良² , 张君诚^1*

1三明学院资源与化工学院,药用植物开发利用福建省高校工程研究中心,融媒体中心,三明, 365000; 2四川农业大学,玉米研究所,成都,611130
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2021年05月10日    接受日期: 2021年05月21日    发表日期: 2021年12月26日

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多重比对补骨脂素合成酶(psoralen synthase, PS)基因信息，预测单序列能量最低状态，基于粗糙集法，建立 PS保守结构域的氨基酸残基识别体系，获取五指毛桃(Ficus hirta Vahl)的转录本中该 Unigene序列信息，并通过生物信息学验证。结果表明，通过五指毛桃 RNA测序得到 61 287 240条高质量读长(Clean reads)，注释得到 179 974条 Unigene序列。采用粗糙集法，预测 40条 PS基因有 10个区域的氨基酸序列同源性高。通过转录本比对，获取五指毛桃 1 751 bp Unigene序列，开放阅读框 1 533 bp，编码 510个氨基酸，属于细胞色素P450超家族的成员，相对分子质量为 57.8 kD，等电点为 6.48，亚细胞定位于内质网；二级结构琢- 螺旋、无规则卷曲和延伸连的比例分别为 50.39%、33.73%、10.98%。虽然该序列编码的氨基酸与其他植物 PS的相似性不高，但与大阿米芹、珊瑚菜等植物 PS蛋白的三级结构极为相似，与同为桑科的川桑补骨脂素合成酶序列聚在一支。综上结果验证了基于粗糙集法，建立 PS保守结构预测，获取 PS的 Unigene为五指毛桃 PS基因，为基于植物转录组测序，获取目标基因，提供一种保守结构域的氨基酸序列获取方法。

补骨脂素；五指毛桃；粗糙集法；保守结构域；转录组测序