鲁华^1,2 , 董章宏² , 瞿绍宏² , 夏茂甜² , 王正德 ² , 沈伟祥 ² , 王海洋² , 余青富 ² , 辛培尧 ^1,2*

1 西南林业大学, 国家林业和草原局西南风景园林工程技术研究中心, 昆明, 650224; 2 西南林业大学, 西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室, 昆明, 650224
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2020年12月18日    接受日期: 2020年12月25日    发表日期: 2021年08月16日

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叶绿体基因组凭借稳定的结构、高度保守的序列在植物遗传结构、比较基因组学和系统发育进化等研究中发挥着重要作用。为明确南系华山松叶绿体基因组的大小、结构、基因组成及近缘种的关系和分类地位，本研究以南系华山松为研究对象，采用 2伊CTAB 法提取南系华山松叶绿体基因组 DNA，建立测序文库，进行浅层基因组测序、组装、SSR 检测、序列对比、共线分析以及系统发育树构建。结果表明，南系华山松叶绿体基因组全长 116 879 bp，GC 含量为 38.16%。南系华山松叶绿体基因组共编码 136 个基因。其中，蛋白编码基因 77 个，tRNA 基因 55 个，rRNA 基因 4 个，具有 2~5 份拷贝的基因共有 14 个(均属于 tRNA 基因)，具有 1 个内含子的基因共有 12 个。经叶绿体基因组序列比对发现，南系华山松与新疆五针松的相似性最高，达98.852%；与欧洲云杉的相似性最低，仅为 57.588%。运用最大似然法基于 GTR+F+R2 模型构建系统发育树，可将 20 种松科植物分为 4 类，其中，南系华山松与北系华山松虽聚为一类，但两者之间的支持率处于较低水平，仅为 55%。此外，南系华山松与北系华山松叶绿体基因组序列存在碱基替换和插入缺失，编码基因数量和种类存在异同，说明南北系华山松间叶绿体基因组存在明显差异。本研究可为南系华山松遗传结构和华山松群体遗传研究提供理论依据。
 

南系华山松(Pinus armandii)；叶绿体基因组；特征分析；系统发育