1 仲恺农业工程学院农业与生物学院, 广州市特色作物种质资源研究与利用重点实验室, 广州, 510225; 2 广东省林业科学研究院, 广东省森林培育与保护利用重点实验室, 广州, 510520
作者
通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 4 篇
收稿日期: 2020年12月17日 接受日期: 2020年12月25日 发表日期: 2023年03月28日
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《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 4 篇
收稿日期: 2020年12月17日 接受日期: 2020年12月25日 发表日期: 2023年03月28日
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摘要
红葱(Eleutherine bulbosa)在化学成分和药理活性开发方面具有重要价值,但是分子生物学研究较少。本研究以红葱花期全株为研究对象,利用 PacBio SequelTM 测序平台进行红葱根、鳞茎、叶片以及花等组织部位混合样品的全长转录组测序。测序数据经过校正后,得到高质量 Isoforms 序列 182 873 条,利用 Nr、SwissProt、KOG 和 KEGG 四个数据库进行比对获得 106 318 条全长转录本,分别有 105 734 (Nr)、90 207 (Swissport)、77 965 (KOG)和 52 047 (KEGG)条转录本获得功能注释。其中 KEGG 数据库分析结果共获得了132 条代谢途径,主要有次生代谢产物合成、抗菌素合成、糖和淀粉代谢等。高级注释共获得 105 976 个CDS,共预测到 3 257 个转录因子。结构分析共鉴定到 39 666 个 SSRs,对没有注释到四大数据库的全长转录序列进行 lncRNA 分析,共预测到 6 394 个 lncRNA。本研究为红葱二代转录组测序数据拼接提供参考模板,为红葱全长基因克隆、基因功能分析和活性成分合成机制解析等提供理论基础。
关键词
红葱(Eleutherine bulbosa);全长转录组;基因功能注释
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