研究报告

基于转录组的巨龙竹 CesA基因家族的生物信息学分析  

王文治1 , 王娟2* , 王昌命4* , 潘悦2 , 宋静3 , 栗宏林4
1西南林业大学生命科学学院,昆明, 650224; 2西南林业大学,绿色发展研究院,昆明, 650224; 3西南林业大学园林园艺学院,昆明, 650224; 4西南林业大学林学院,昆明, 650224
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2020年11月16日    接受日期: 2020年11月20日    发表日期: 2021年06月26日
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摘要

纤维素是植物细胞壁的重要组成成分,主要由多个纤维素合成酶(CesA)基因家族参与编码。本研究基于巨龙竹单分子实时测序(SMRT)转录组数据库,利用高质量转录本非冗余序列结合转录本功能注释,共筛选出 45CesA基因候选序列。巨龙竹 CesA基因家族编码蛋白的氨基酸数目为 351~1 652个,其分子量为 40.45~186.12 kD,且大部分蛋白以- 螺旋和无规则卷曲为主。通过 CesA基因家族成员之间的同源性分析,以及与水稻、毛竹、绿竹和慈竹 4个禾本科物种的 CesA基因家族共同构建的系统进化树分析发现,巨龙竹 CesA基因家族成员可分成 10个类群。F01_cb9914_c103031/f5p6/3907 F01_cb9914_c4357/f4p0/4200 两个基因与巨龙竹初生壁纤维素生物合成有关,其中且由共同的祖先演化而来,发生了基因功能的分化,使得巨龙竹笋的组织特异性表达存在较大差异。本研究结果对巨龙竹 CesA基因家族基因的进一步研究及其功能鉴定奠定了基础。
 

关键词
巨龙竹(Dendrocalamus sinicus);纤维素合成酶;转录组;生物信息学

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《分子植物育种》印刷版
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