杨芩^1* , 付燕 ² , 刘雅兰¹ , 张婷渟¹ , 彭舒 ¹ , 邓洁¹

1 凯里学院大健康学院, 凯里, 556000; 2 黔东南民族职业技术学院, 凯里, 556000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 31 篇   
收稿日期: 2020年10月27日    接受日期: 2020年10月28日    发表日期: 2021年09月15日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

基于‘灿烂’、‘顶峰’、‘蒂芙蓝’、‘杰兔’和‘园蓝’5 个兔眼蓝莓花粉转录组数据，开展 SSR 信息分析及引物设计，为开展蓝莓的基因定位及花粉直感效应形成的分子机制等研究提供理论依据。本研究采用MIcroSAtellite (MISA)和 Blast2GO 对无冗余 Unigene 进行 SSR 筛选、识别及富集分析，采用 Primer 3 进行SSR 引物设计。在 58 985 个 Unigene 中有 15 407 个 Unigene 含有 20 812 个 SSR 位点，发生频率为 35.28%。SSR 的主要重复类型为单核苷酸(54.24%)和二核苷酸(33.78%)，两者分别以 A/T (53.91%)和 AG/CT (28.37%)基元占绝对优势。基因 GO 功能分类表明，含有 SSR 位点的 15 407 个 Unigene 被富集到 3 个 Ontology 类别的50 个 GO Term 中，其中涉及代谢、细胞和单机体的生物过程的 GO Term 最多。成功设计 16 854 对 SSR序列引物，成功率为 80.98%。从蓝莓花粉转录组基因序列中成功筛选了具有良好多态性潜能的 SSR 位点并开发了引物，可为蓝莓的分子标记辅助育种、遗传多样性及花粉直感效应形成的分子机制等研究提供分子标记基础。
 

蓝莓；花粉；RNA-Seq；SSR