研究报告
萝卜LIM基因家族生物信息学及表达分析 
孙继峰1 
,
宋倩2 ,
徐立功1 ,
周陆红1 ,
谭金霞1 ,
李萌1 ,
杨晓东1 ,
宋银行1 ,
韩太利1 
,
宋倩2 ,
徐立功1 ,
周陆红1 ,
谭金霞1 ,
李萌1 ,
杨晓东1 ,
宋银行1 ,
韩太利1
1山东省潍坊市农业科学院,潍坊,261017;2江西省赣南科学院,赣州,341000
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 6 篇
收稿日期: 2020年09月16日 接受日期: 2020年09月30日 发表日期: 2022年04月28日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 6 篇
收稿日期: 2020年09月16日 接受日期: 2020年09月30日 发表日期: 2022年04月28日
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摘要
为明确 LIM 家族基因在萝卜小孢子胚胎发生诱导中的表达特性，本研究在萝卜全基因组中鉴定LIM，通过分析理化性质、基因及蛋白结构、基因进化和表达模式。共鉴定到 12 个萝卜 LIM 家族成员，包含189~320 个不等的氨基酸。亚细胞定位结果显示RsLIM 蛋白在细胞核中均有分布，部分在高尔基体中也有分布。启动子顺式作用元件分析表明，RsLIM 启动子回应光、激素诱导的元件最多。基因结构分析表明，RsLIM 中外显子数为 3~10 个。结构域分析表明，RsLIM 蛋白中除 RsLIM2 外，均具有 2 个 LIM 结构域。根据聚类分析结果可将 RsLIM 分为 3 组。染色体定位结果显示，RsLIM 分布在萝卜 9 条染色体中的 6 条，且呈不均匀分布。转录组数据表明，12 个 RsLIM 基因在不同组织中的表达具有明显差异，显著分为 2 类。游离小孢子不同预处理的实时荧光定量 PCR 结果显示，12 个 RsLIM 对不同预处理的反应效果不同，低温诱导促进多数基因表达，高温诱导抑制多数基因的表达，RsLIM 基因家族具有一定的表达特异性。本研究为萝卜 LIM 基因家族的功能分析提供了依据。
关键词
萝卜；LIM 基因家族；生物信息学；表达分析
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