严佳文^* , 李建挥^* , 柏文富 , 禹霖 , 聂东伶 , 熊颖 , 李柏海 , 吴思政^**

湖南省森林植物园, 长沙, 410116
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 40 篇   
收稿日期: 2020年09月07日    接受日期: 2020年09月18日    发表日期: 2022年08月05日

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为给优异樱花种质的保存和利用提供理论依据，对 47 份樱花种质资源进行了 RAD 简化基因组测序，挖掘高一致性的群体 SNP，应用 RAxML、ADMIXTURE、GCTA、PopGenome 和 Arlequin 3.0 等生物信息学软件进行了系统进化树构建、基因分型分析、主成分分析和核苷酸多样性分析。经过基因型完整性过滤和紧密连锁位点筛选后，共获得 79 667 个高一致性群体 SNP。系统进化、遗传结构和主成分聚类分析结果基本一致，47 份种质资源分为 8 个类群，各类群的核苷酸多样性(π)和平均期望杂合度(He)分别为Ⅰ：0.128 19，0.119 94；Ⅱ：0.139 64，0.130 55；Ⅲ：0.215 5，0.164 73；Ⅳ：0.086 82，0.061 22；Ⅴ：0.095 49，0.069 73；Ⅵ：0.191 22，0.106 1；Ⅶ：0.168 5，0.158 78；Ⅷ：0.290 98，0.183 43。类群Ⅳ与Ⅴ之间的遗传分化程度最高(F_ST=0.461 289)，其次是类群Ⅳ与Ⅵ (F_ST=0.456 958)，类群Ⅶ与Ⅷ之间的分化程度最低(F_ST=0.097 613)，各类群之间的遗传分化均处于中等及以上水平。基因分型结果显示，单一遗传组分的个体有 29 个(61.70%)，含有 2 或 3 种遗传组分的个体有 18 个(38.30%)，潜在的种间自然杂交个体有 4 个。樱花种质资源的遗传多样性丰富，8 个类群之间存在明显的遗传分化。通过基因型分析，明确了种间自然杂交后代和人工杂交品种的遗传组分，初步探讨了亲本来源。

樱花；SNP；遗传多样性；基因分型