李若愚² , 张小丹⁴ , 马昕怡³ , 郭瑞¹ , 颜少宾¹ , 金光¹ , 周平^1*

1福建省农业科学院果树研究所,福州, 350013; 2福建农林大学农学院,福州, 350002; 3福建农林大学生命科学学院,福州, 350002; 4伊利诺伊大学厄巴纳 - 香槟分校,厄巴纳, IL61801,美国
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2020年08月26日    接受日期: 2020年08月31日    发表日期: 2021年03月16日

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为深入研究桃密码子使用特征，本研究基于桃(Prunus persica)基因组 26 873个注释基因编码序列的 GC含量特征、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)等参数的计算，统计分析了桃基因组密码子的偏好性及其密码子使用模式。分析结果表明桃密码子使用具有偏好性，61个密码子中存在 4个密码子 TCA，ACA，GCA，GAA为桃最优密码子，它们均以 A结尾。进一步统计桃与其它 9种近缘蔷薇科植物的密码子使用频率，发现近缘种属的密码子使用规律具有一定相似性。研究同时发现桃基因组 tRNA基因拷贝数与氨基酸及特定密码子的出现频率呈正相关。这些结果揭示了桃基因组密码子的使用模式，为相关密码子使用机制研究及基因工程改良提供了重要的参考。

桃(Prunus persica)；密码子使用模式；密码子使用偏好性