陈叶 , 李世鹏 , 张岩松 , 刘向慧 , 押辉远^*

洛阳师范学院食品与药品学院, 洛阳, 471934
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 23 篇   
收稿日期: 2020年07月22日    接受日期: 2020年07月27日    发表日期: 2021年05月11日

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采用生物信息学方法对槟榔(Areca catechu L.)果实转录组中的 SSR 位点信息进行分析，以期为槟榔 SSR 标记开发提供依据。利用 MISA 工具对槟榔转录组测序获得的 Unigene 序列进行 SSR 检索、位点信息分析和 SSR 引物设计。从 94 562 条 Unigene 中共检索到 51 245 个 SSR 位点，分布在 31 482 条 Unigene 序列中，平均分布距离为 1/2.12 kb，发生频率为 54.19%。单核苷酸是主要重复类型，所占比例为 30.14%。优势重复基元是 A/T、AG/TC、GA/CT 和 TA/AT，分别占单核苷酸的 80%、二核苷酸的 27%、26%和 25%。重复次数以3~11 次重复为主，所占比例为 69.37%。大部分基序长度集中在 12~20 bp 之间，所占比例为 92.77%。设计获得 34 983 对 SSR 引物。研究结果表明槟榔 SSR 位点分布频率较高、类型丰富、具有较高的多态性潜能和可用性，可为槟榔 SSR 标记开发、种质资源鉴定、遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面提供的理论基础。

槟榔(Areca catechu L.)；转录组；SSR 位点；引物设计