李玲丽¹ , 周义峰¹ , 徐明¹ , 李密密^1,2* , 徐増莱^1*

1江苏省中国科学院植物研究所,南京, 210014; 2江苏省农业种质资源保护与利用平台,南京, 210014
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 23 篇   
收稿日期: 2020年05月07日    接受日期: 2020年05月11日    发表日期: 2021年08月21日

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珊瑚菜(Glehnia littoralis)又名北沙参，是一种常用药食同源植物。现珊瑚菜野生种群十分稀缺，是国家二级保护植物之一。本研究通过 MISA软件对珊瑚菜转录组 78 828条 Unigenes中简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)位点信息进行挖掘与分析，共鉴定出 14 421个 SSR位点，SSR发生频率为 15.43%。珊瑚菜转录组 SSR位点的种类从单碱基到六碱基重复均有分布，主要重复类型是单核苷酸和双核苷酸，分别占 SSR总数的 39.98%和 40.98%。SSR位点的最小重复次数分布为 5次，最大重复次数分布为 24次，6和10次是 SSR位点数量最多的重复次数，分别有 3 102和 2 672个，分别占总 SSR数目的 21.51%和 18.53%。利用引物设计软件 Primer 6.0软件，共设计出 2 894对引物。随机筛选出 20对引物进行扩增验证，有 12对引物扩增出片段。本研究结果表明珊瑚菜转录组 SSR位点出现频率与密度较高且重复类型丰富，可为珊瑚菜遗传图谱的建立、遗传多样性的分析、物种的鉴定和育种等研究提供技术依据。

珊瑚菜；转录组；SSR位点