研究报告

鹰嘴豆 miR169 家族的生物信息学分析及靶基因预测  

于月华 , 王朝露 , 倪志勇*
新疆农业大学农学院, 乌鲁木齐, 830052
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 7 篇   
收稿日期: 2020年04月29日    接受日期: 2020年05月04日    发表日期: 2021年08月08日
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摘要

在多种植物中 miR169 家族成员应答多种非生物胁迫,如高盐,低温和干旱。为了揭示 Car-miR169的生物学功能,对 Car-miR169 家族 13 个成员的序列进行生物信息学分析及靶基因预测。染色体定位结果表明,11 Car-miR169 成员分布在鹰嘴豆 Ca1Ca2Ca4Ca6 Ca7 5 条染色体上,Car-miR169g Car-miR169l分别定位在 scaffold2734 scaffold362 上。Car-miR169a Car-miR169i 在鹰嘴豆 Ca1 染色体上成簇存在。Car-miR169f Car-miR169m 在鹰嘴豆 Ca7 染色体上成簇存在。序列比对表明 13 Car-miR169 成员的成熟 miRNA 序列一致性为 84.28%13 Car-MIR169 成员的前体序列的二级结构分析结果表明,成熟的miRNA 序列均位于 5' 端,均形成稳定的茎环结构。进化树分析表明,Car-MIR169aCar-MIR169cCarMIR169dCar-MIR169eCar-MIR169g 与苜蓿的 Mtr-MIR169 家族亲缘关系较近。Car-MIR169bCar-MIR169fCar-MIR169h 和 大 豆 Gma-MIR169 家 族 聚 在 一 个 分 支 ,Car-MIR169iCar-MIR169jCar-MIR169kCarMIR169l 和水稻 Os-MIR169a 聚在一个分支,而 Car-MIR169m 单独为一个分支。靶基因预测表明大部分CarmiR169 家族成员的靶基因为核转录因子 A 亚基。鹰嘴豆 8 个组织的转录组数据分析表明 Car-miR169iCar-miR169jCar-miR169kCar-miR169l 在叶、茎、花蕾、花和豆荚中不表达,Car-miR169e 在茎中不表达,其他成员在 8 个组织中均表达。这些研究结果为研究鹰嘴豆 Car-miR169 家族成员及其靶基因的功能提供了基础。

关键词
鹰嘴豆;miR169;靶基因

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《分子植物育种》印刷版
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