研究报告

利用 SNP芯片结合 BSA的方法定位花生黑色种皮颜色基因  

赵钰涵1,2 , 周希萌1,2 , 赵慧玲1,2 , 付春3 , 夏晗1,2 , 厉广辉2 , 赵术珍2 , 马长乐1 , 王兴军1,2 , 赵传志1,2*
1山东师范大学生命科学学院,济南, 250014; 2山东省农业科学院生物技术研究中心,山东省作物遗传育种与生态生理重点实验室,济南,250100; 3潍坊市农业科学院,潍坊, 261071
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 22 篇   
收稿日期: 2020年03月18日    接受日期: 2020年03月23日    发表日期: 2021年06月27日
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摘要

种皮颜色是花生的重要农艺性状。本研究利用粉红种皮黑种皮的两个分离群体(WH10/YH29,GT-C20/YH29)F2:3家系,分别构建了粉红色和黑色种皮的极端池,并利用花生二代 SNP芯片(Axiom_Arachis2, r2)结合集群分离分析法(bulked segregate analysis, BSA)对花生黑种皮基因进行了定位研究。SNP芯片检测和生物信息学分析结果表明,控制花生黑色种皮的基因定位在 Arahy.10染色体。在 Arahy.10染色体上,总共 146 (82%)SNP位点富集在 10~29 Mb70~109 Mb两个区间内。生物信息学分析表明,在这两个区段内有 5SNP位点在外显子区,全部位于 70~109 Mb区间。此外,本研究还在 70~109 Mb内筛选到一个与黑种皮性状紧密连锁的 SSR标记pTsaSSR107.16,表明该区间可能包含控制花生黑种皮的基因,该结果将为花生黑色种皮基因的精细定位提供参考。另外,本研究结果还表明 SNP芯片结合 BSA分析可以作为花生基因初定位的工具,其推广和应用将促进花生基因定位的研究进程。
 

关键词
花生;种皮颜色;黑种皮;SNP芯片;BSA

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《分子植物育种》印刷版
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