谭梦¹ , 石雨鑫 ¹ , 郑海粟 ^1,2 , 邵留^1,2 , 何培民^1,2*

1上海海洋大学海洋生态与环境学院,上海, 201306; 2上海海洋大学,水域环境生态上海高校工程研究中心,上海, 201306
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 29 篇   
收稿日期: 2021年01月27日    接受日期: 2021年02月05日    发表日期: 2021年06月08日

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苦草(Vallisneria)隶属于水鳖科(Hydrocharitaceae)，是水域生态修复的先锋物种。为了对苦草属植物进行比较全面的 SSR信息分析，本研究基于 RAD-seq (restriction-site associated DNA sequencing)简化基因组测序技术获得了苦草的简化基因组序列信息，并开发了 SSR分子标记与引物设计。在所得序列中共检测到366个 SSR位点，成功设计出引物的有 355个，其中二碱基重复基序数量最多，占总数的 59.56%，通过筛选和验证，最终确定了 23对具有多态性的 SSR引物。Genepop软件分析结果显示，这 23个位点的等位基因数均值为 3.26，多态性高且不连锁(P<0.05)；4个位点在多数群体中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且纯合子与杂合子比例相当(观测杂合度均值 0.460)，近交系数高(Fis均值 0.880)，可能是因为单个群体采样集中，且由于苦草属植物同时具备无性、有性两种繁殖方式中的无性繁殖所致。
 

苦草(Vallisneria)；RAD-seq； SSR标记；简化基因组测序