研究报告

基于高通量测序的天目铁木转录组分析  

王光炯1,2 , 张丽芳2 , 赵明水3 , 李因刚2 , 柳新红2*
1浙江农林大学林业与生物技术学院,杭州, 311300; 2浙江省林业科学研究院,杭州, 310023; 3浙江天目山国家级自然保护区管理局,杭州,311311
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2020年02月18日    接受日期: 2020年01月24日    发表日期: 2021年04月20日
© 2021 BioPublisher 生命科学中文期刊出版平台
这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用,版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。
摘要

天目铁木为中国特有的珍稀濒危植物,5株原生株分布在浙江西天目山。随着环境条件的不断恶化,对濒危植物的保护变得尤为重要,从 20世纪 80年代初开始对天目铁木开展研究,然而到目前为止对于天目铁木分子生物学和基因功能方面的研究仍旧较少。为了获得天目铁木的基因数据和初步了解基因功能,本研究利用 Illumina Hiseq高通量测序平台对天目铁木转录组进行测序,经 Trinity软件组装得到 58 386Unigene。利用 BLAST软件将得到的 UnigeneNrSwiss-ProtGo7大公共数据库进行同源比对。最终有36 884Unigene获得注释。另外利用 MISA软件对所得到的 Unigene进行 SSR位点的发掘,共得到 7 670SSR位点。利用高通量测序技术获得的天目铁木转录组信息将为后续该物种功能基因、基因表达、SSR分子标记等研究打下基础,同时能更好地指导天目铁木的保护、遗传多样性研究以及扩繁工作等。
 

关键词
天目铁木(Ostrya rehderiana);高通量测序;转录组;基因注释

HTML格式版本正在制作中。
《分子植物育种》印刷版
• 第 19 卷
阅览选项
. 全文 PDF
. 全文 HTML
读者评论
. 评论
作者的其他论文
.
王光炯1,2
.
张丽芳2
.
赵明水3
.
李因刚2
.
柳新红2*
相关论文
.
天目铁木(Ostrya rehderiana)
.
高通量测序
.
转录组
.
基因注释
服务
. 发表评论