研究报告

猕猴桃抗溃疡病转录组分析和基因功能注释  

井赵斌1,2,3*
1渭南职业技术学院农林科技学院,渭南, 714026; 2渭南市果业研究院,渭南, 714026; 3西北农林科技大学园艺学院,杨凌, 712100
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2020年01月16日    接受日期: 2020年01月24日    发表日期: 2021年04月20日
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摘要

为了发掘中国野生猕猴桃资源抗溃疡病基因,利用 Illumina HiSeq测序平台对不同时间接种溃疡病菌的毛花猕猴桃进行 mRNA高通量测序。结果表明,共获得 68 731Unigene,其中有 48 414个基因注释到 NrSwissProtKEGGCOG/KOG数据库。KOG注释显示,通用功能预测、转录后修饰、蛋白代谢、伴侣蛋白、信号转导机制,翻译、核糖体结构和生物合成所占比例最高;GO注释表明参与生物过程的差异表达基因数目最多,细胞组分和分子功能次之;KEGG通路分析表明差异基因的富集以生物合成和代谢为主。接种后不同时间点共获得 63 050个差异表达基因。通过 SSR位点分析,从 68 731Unigene中鉴定出 13 652SSRs位点;同时获得了各类型转录因子 1 580个;R基因 3 727个。本研究结果对猕猴桃抗溃疡病基因发掘和抗溃疡病新品种选育具有重要的理论指导和育种实践意义。
 

关键词
猕猴桃(Actinidia Lindl.);溃疡病;转录组;差异表达基因

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《分子植物育种》印刷版
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