西华师范大学生命科学学院, 南充, 637002
作者
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 18 篇
收稿日期: 2019年12月26日 接受日期: 2020年01月09日 发表日期: 2021年03月22日
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19 卷, 第 18 篇
收稿日期: 2019年12月26日 接受日期: 2020年01月09日 发表日期: 2021年03月22日
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摘要
高温已对玉米(Zea mays L.)生产造成了巨大危害。为了给耐高温胁迫玉米品种选育提供可用的分子遗传标记,本研究以耐高温和高温敏感的两个玉米品种为实验材料,通过花粉总RNA提取、mRNA纯化、反转录、转录组文库构建及测序等工作,最后对获得的转录组数据进行SNP和InDel分子标记分析。结果显示:高质量碱基数据量平均为6.69 Gb,占原始数据比例平均达94.71%;在SNP分子标记中,Homo位点平均为19 450个,Hete位点平均为23 598个,转换类型共52 337个,颠换类型共27 868个;在InDel分子标记中,Homo位点平均为1 023个,Hete位点平均为1 736个;SNP/InDel位点在外显子区分布最多,达到总量的58.02%,其次是基因间隔区、3’非翻译区和5’非翻译区,其余区域位点占总量比例均低于5%;SNP/InDel造成同义单核苷酸突变比例最高,平均值为60.69%,其次为非同义单核苷酸突变,平均值为36.72%,非移码替换突变为平均值1.64%,其余三种均不到1.00%;在SNP和InDel标记位点基因功能注释中,NR数库注释最多,超过8 000个,其次为KEGG和eggNOG;注释到GO和Swissprot数据库的相对较少。本研究结果为进一步标记辅助耐高温玉米品种选育提供了分子基础,也为其它植物的类似研究提供了参考。
关键词
玉米(Zea mays L.); 分子标记;高温胁迫;转录组
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