技术主题/Technology Feature
基于二代测序数据开发以93-11为亲本的水稻SNP-dCAPS标记的研究实例 
杨广阔1,2* 
,
陈子强2* ,
陈在杰2 ,
苏军2 ,
陈松彪2 
,
王锋2
,
陈子强2* ,
陈在杰2 ,
苏军2 ,
陈松彪2 ,
王锋2
1 福建农林大学生命科学学院, 福州, 350002;
2 福建省农业科学院生物技术研究所, 福建省农业遗传工程重点实验室, 福州, 350003
*同等贡献作者
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2014 年, 第 12 卷, 第 33 篇 doi: 10.13271/j.mpb.012.001288
收稿日期: 2014年02月27日 接受日期: 2014年03月22日 发表日期: 2014年04月10日
2 福建省农业科学院生物技术研究所, 福建省农业遗传工程重点实验室, 福州, 350003
*同等贡献作者
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2014 年, 第 12 卷, 第 33 篇 doi: 10.13271/j.mpb.012.001288
收稿日期: 2014年02月27日 接受日期: 2014年03月22日 发表日期: 2014年04月10日
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推荐引用：
Yang G.K., Chen Z.Q., Chen Z.J., Su J., Chen S.B., and Wang F., 2014, Developing Rice SNP-dCAPS Markers Based on Next Generation Resequ- encing Data of 93-11 as Parental Line, A Case Study, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 12(6): 1288-1295 (杨广阔, 陈子强, 陈在杰, 苏军, 陈松彪, 王锋, 2014, 基于二代测序数据开发以93-11为亲本的水稻SNP-dCAPS标记的研究实例, 分子植物育种, 12(6): 1288-1295)
摘要
作为第一个全基因组序列被测定的籼稻材料，93-11，已成为开展水稻分子遗传、功能基因定位和克隆等研究的最重要亲本之一。公共数据库公布的93-11序列为开发水稻SNP标记奠定了重要基础，但其序列中存在的部分错误，也给相应研究工作带来困扰。本研究通过双重参考日本晴序列和93-11序列，进行候选SNP位点碱基多重比对，建立了一个推测、甄别93-11公共数据库误差序列，开发SNP标记的实践方法。基于本研究建立的方法，针对一个涉及稻瘟病抗性材料P400突变基因所定位区间，结合dCAPS策略，展示了高效开发SNP-dCAPS标记的实例。研究结果表明，本研究建立的方法对利用93-11为亲本，开展水稻功能基因分离等工作，有积极的借鉴意义。
关键词
水稻；93-11；单核苷酸多态性；衍生剪切扩增多态性
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