李嘉莹^1,2 , 沈文涛² , 庹德财² , 朱国鹏¹ , 黎小瑛² , 言普² , 周鹏^1,2

1 海南大学园艺学院, 海口, 570228; 2 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海南热带农业资源研究院, 海口, 571101
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2019年11月30日    接受日期: 2019年12月26日    发表日期: 2020年04月30日

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为了明确海南本地甘薯羽状斑驳病毒(sweet potato feathery mottle virus, SPFMV)种群的遗传进化关系及致病机理，本研究利用 Small RNA 测序技术对采自海南的甘薯样品进行鉴定，获得与 SPFMV 序列具有相似性的 85 个 contigs，与 NC_001841 相似性较高。试验设计了 5 对共 8 条引物，分别为 SPFMV-1F/1R、SPFMV-11F/1R、SPFMV-2F/2R、SPFMV-3F/3R 和 SPFMV-3F/33R PCR，扩增获得 3 987 bp、3 710 bp、1 996 bp、3 369 bp 和 4 730 bp 目的片段。在此基础上再分段设计引物，进行基因全序列 PCR 扩增，序列拼接获得SPFMV-HN 基因组全序列，其包含完整编码阅读框。本研究结果首次报道 SPFMV 海南分离物基因组全长，并且在 P1 区预测到另一个外框元件(pretty interesting sweet potato potyviral ORF, PISPO)，聚合酶滑移机制可以产生带有额外核苷酸的转录变体，这些核苷酸可以翻译为 P1N-PISPO 和 P3N-PIPO。本研究结果为进一步探究 SPFMV 致病分子机理和培育抗病甘薯品种奠定研究基础。

甘薯羽状斑驳病毒；Small RNA 测序技术；全基因测序；序列分析