研究报告

大豆GmGRF5基因的组织表达模式与生物信息学分析  

徐思远1 , 刘志雄1* , 张晓玫2*
1 长江大学园艺园林学院, 荆州, 434023; 2 中国农业科学院作物科学研究所, 国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程, 农业部北京大豆生物学重点实验室, 北京, 100081
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 2 篇   
收稿日期: 2019年10月09日    接受日期: 2019年10月16日    发表日期: 2020年05月18日
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摘要

Growth Regulating Factor (GRF)家族基因是一类植物特有的转录因子,广泛参与植物多个重要的发育过程。为了研究大豆中的 GRF 转录因子的功能,本研究从大豆‘天隆 1 号’品种中克隆获得全长为 1 038 bpcDNA 序列,由于该序列的编码蛋白与拟南芥 GRF5 具有高度的相似性,因此将其命名为 GmGRF5 基因。通过 RT-PCR 进行组织部位表达分析,发现 GmGRF5 基因在大豆各个组织部位均有表达,且在花中的表达量最高。通过 ExPASy-Protparam 分析发现,该蛋白质的分子量为 39.463 48 kD,是具有一定亲水性、不稳定的碱性蛋白。该蛋白含有 GRF 家族蛋白的两个保守功能域(QLQ WRC)。利用 SOPMA 对该蛋白的二级结构预测,显示其主要由无规则卷曲(72.05%)α- 螺旋(13.83%)、延伸链区(9.8%)和 β- 转角(4.32%)组成。此外,还利用不同的生物信息学软件对其三级结构、跨膜域、亚细胞定位、互作蛋白进行了分析,并构建系统进化树。结果表明,GmGRF5 基因在进化过程中具有高度的保守性,在大豆中具有潜在的功能多样性。
 

关键词
大豆; GmGRF5; 组织表达模式; 生物信息学分析

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《分子植物育种》印刷版
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