杨光 , 梁坤南 , 黄桂华 , 周再知 , 王西洋

中国林业科学研究院热带林业研究所, 广州, 510520
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 16 篇   
收稿日期: 2019年05月08日    接受日期: 2019年06月07日    发表日期: 2020年07月15日

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本研究利用 Illumina HiseqTM 4000 测序平台对柚木(Tectona grandis L. F.)边材组织进行转录组测序，获得 39.65 Gb 的数据。拼接组装共得到 90 843 个 Unigene，平均长度、N50 以及 GC 含量分别为 1 415 bp，2 208 bp 和 41.28%。将获得的 Unigene 与七大功能数据库进行比对，分别有 64 416 (NR: 70.91%)、69 281 (NT: 76.26%)、28 777 (COG: 31.68%)、18 630 (GO: 20.51%)、49 594 (KEGG: 54.59%)、44 707 (Swissprot: 49.21%)以及 50 938 (Interpro: 56.07%) 个 Unigene 获得功能注释。经过 GO 数据库的比对分析，18 630 个 Unigene 被注释到生物过程、细胞组分和分子功能 3 大类别 55 个亚类。与 COG 数据库进行比对分析，28 777 个注释Unigene 按功能被划分为 25 类。基于 KEGG 数据库，44 595 个 Unigene 序列注释到 6 大类，21 个亚类代谢通路中。根据注释结果预测出 2 772 个编码转录因子的 Unigene，检测出 26 773 个 SSR 位点，以及 39 856 个SNP 位点。本研究为柚木分子育种工作的开展提供数据和参考。

柚木(Tectona grandis L. F.)；转录组；高通量测序；功能注释