王荣香 , 徐子健 , 于平 , 孙化鹏 , 乔飞^*

中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所, 海口, 571101
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 27 篇   
收稿日期: 2018年09月05日    接受日期: 2018年09月28日    发表日期: 2019年05月22日

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海南粗榧(Cephalotaxus hainanensis)作为一种濒危孑遗植物，其遗传资源的保护和合理开发十分必要。为了深入了解海南粗榧的遗传背景，本研究利用 Illumina HiseqTM 2000 高通量测序平台对海南粗榧的转录组进行了测序，并利用 MISA 软件对其进行 SSR 位点搜索和分析，搜索到有 25 402 个 SSR 位点，在143 614 条 Unigenes 中，其中 20 706 条在 Unigenes 上，出现频率为 17.69%，分布密度为 131.70 个/Mb；SSR位点的重复类型从单碱基到六碱基重复均有包含，其中 SSR 位点中数量最多的是单碱基重复类型，占比达到 67.94%，其次分别为二碱基和三碱基重复类型；所有重复基元共 118 种，(A/T)n 含量最多，为 66.89%；SSR位点的重复次数和序列长度分布较广，重复次数在 5~85 次之间，序列总体长度范围在10~88 bp。通过对海南粗榧转录组 SSR 位点的出现频率、分布密度、重复类型、重复次数和序列长度等特点分析，表明海南粗榧具有较长的进化时间和较高的突变频率，同时 SSR 位点具有较高的多态性潜能，本研究全面了解海南粗榧转录组 SSR 位点的分布和序列特征，旨在能揭示海南粗榧的遗传背景，以期为其分子生物学、功能基因以及分子育种研究提供参考依据。
 

海南粗榧；转录组；SSR 特征；遗传进化