吴萍 , 郭俊霞 , 王晓宇 , 李青苗 ^* , 张松林 , 方清茂

四川省中医药科学院, 成都, 610041
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2019年03月25日    接受日期: 2019年04月01日    发表日期: 2020年05月28日

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为获得杭白芷转录组信息特征，本研究利用 Illumina HiSeqX Ten 测序平台对杭白芷根进行高通量转录组测序，获得高质量序列(Clean reads) 47 742 445 条，Trinity denovo 组装后得到 47 044 条 Unigenes，平均长度 1 164.20 nt。BLAST 分析显示分别有 32 208 (68.46%)、23 049 (48.99%)、10 479 (22.27%)、17 883(38.01%)、28 201 (59.95%)、20 731 (44.07%)、55 (0.12%)条 Unigenes 在数据库 NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO、Pfam 中获得注释，可归为 GO 分类的生物过程、细胞组分和分子功能 3 大类 57 分支，涉及 205个 KEGG 代谢通路，其中包括 27 个次生代谢通路。蛋白编码框序列 32 303 个，高等植物转录因子 58 个家族，借助 MISA 软件发现 10 020 个 SSR，其中二碱基重复最丰富，有 4 336 个，出现频率为 43.27%；五碱基重复 SSR 最少仅占 0.37%。本研究获得了大量基因序列信息以及 SSR 信息，为今后开展相关分子机制研究提供了数据资源和理论基础。
 

杭白芷；转录组；功能基因；代谢通路；简单重复序列