康路 , 谢登峰 , 何兴金 ^*

四川大学生命科学学院, 生物资源与生态环境教育部重点实验室, 成都, 610064
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 1 篇   
收稿日期: 2019年03月14日    接受日期: 2019年03月21日    发表日期: 2020年05月22日

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核苷酸多样性作为衡量物种遗传变异水平的重要指标，对于研究物种遗传多态性的高低、进化历史和系统位置具有重要的科学意义，密码子偏好性则跟基因表达和自然选择压力等密切相关。本研究通过计算胡萝卜属(Daucus L.) 17 种植物的叶绿体基因组片段的核苷酸多样性，开发出了可用于系统学和群体遗传学等研究的叶绿体基因分子标记；并且基于 CodonW 和 CUSP 统计数据，通过相关性分析、中性绘图分析、ENC-plot 分析以及 PR2-plot 分析，探究了胡萝卜(Daucus carota var. sativ a)密码子使用偏好性。结果表明，有效密码子数(ENC)与最优密码子使用频率(FOP)、密码子适应指数(CAI)、密码子偏好指数(CBI)具有显著的相关性，胡萝卜叶绿体基因的密码子偏好性主要受到突变和自然选择的作用，其中，突变的影响更大。此外，本研究确定了 5 个高表达基因和 18 个最优密码子。这些研究结果有助于探究胡萝卜的进化历史和基因的表达，从而为品种改良和提高产量提供理论支持。
 

胡萝卜(Daucus carota var. sativa)；叶绿体片段；核苷酸多样性；密码子偏好性