彭靖茹^* , 檀业维 , 黄寿辉 , 温立香 , 张芬 , 冯春梅 , 李源

广西壮族自治区亚热带作物研究所,南宁, 530001
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 30 篇   
收稿日期: 2019年02月12日    接受日期: 2019年02月20日    发表日期: 2020年08月25日

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SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术，在茶树的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学及统计学的方法，对已成功绘制了高质量基因组图谱的‘云抗 10号’茶树全基因组进行分析，获得428 654个具有引物片段的 SSR标记。通过对这些 SSR区段进行分析，发现不同碱基数目的重复单元之间具有较大的差异：含有二核苷酸的重复单元最多，占总数的 54.04%；其次为三核苷酸重复单元，占总数的31.52%。经比较，在茶树与可可的基因组 SSR中，二核苷酸 SSR重复单元数量最少的都是 CG/GC基元；三核苷酸 SSR重复单元中数量较少的都有 CCG/CGC/GCC基元类型；四核苷酸 SSR重复单元最多的都是AAAT/TTTA基元。为进一步研究及验证所设计 SSR引物的有效性及多态性，对茶树酚类合成途径中关键酶 4- 香豆酸乙酰连接酶(4CL)进行 SSR引物开发并进行生物信息学分析，获得 17对引物。其中 13对 SSR引物扩增的区域有分布在基因间区，2对在内含子区及 2对在 5'上游非翻译区。挑选其中的 6对引物进行多态性的研究，发现位于内含子区的 2对引物具有多态性，其它不表现。在茶树全基因组中大规模开发 SSR标记，将为茶树的进化、分类和育种研究提供参考。
 

茶树；云抗 10号；基因组；SSR标记；4- 香豆酸乙酰连接酶