研究报告

甘蔗类甜蛋白基因ScTLP2和ScTLP3的生物信息学分析及表达  

李聪娜1 , 刘峰1 , 张旭1 , 任永娟1 , 汤翰臣1 , 阙友雄1,2 , 苏亚春1,2*
1 福建农林大学, 农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室, 福州, 350002; 2 福建农林大学, 教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室,福州, 350002
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 10 篇   
收稿日期: 2019年02月01日    接受日期: 2019年02月13日    发表日期: 2020年02月17日
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摘要

类甜蛋白(thaumatin-like proteins, TLPs)是一类与作物抵抗真菌病害紧密相关的病程相关蛋白。本研究从课题组前期构建的甘蔗(Saccharum spp.)转录组数据库中筛选获得两个甘蔗类甜蛋白基因(ScTLP2 ScTLP3),利用生物学软件对 ScTLP2 ScTLP3 基因进行序列特征、结构功能及聚类分析,采用 qRT-PCR 技术,检测 ScTLP2 ScTLP3 基因在不同甘蔗组织和黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)胁迫下的表达情况。生物信息学分析显示,ScTLP2 基因全长 1 835 bp,包含 1 969 bp 的完整开放读码框,编码 322 个氨基酸;ScTLP3 基因全长 1 259 bp,包含 1 765 bp 的完整开放读码框,编码 254 个氨基酸。ScTLP2 ScTLP3 编码蛋白均含有 THN 家族的保守结构域和糖苷水解酶家族的 64 结构域(GH64-TLP-SF),两者分别隶属于 TLPs家族中的类和类。qRT-PCR 结果表明,ScTLP2 ScTLP3 基因在甘蔗中均为组成型表达,其中 ScTLP2基因在蔗叶中的表达量最高,是蔗皮的 11.2 倍,而 ScTLP3 基因在蔗芽中的表达量最高,是蔗皮的 45.3 倍。受黑穗病菌侵染后,ScTLP2 基因在甘蔗抗黑穗病品种‘崖城 05-179’中上调表达,而在感黑穗病品种‘ROC22’中无明显变化;相反的,ScTLP3 基因表达量在‘崖城 05-179’中无明显变化,在‘ROC22’中上调表达。以上结果为深入研究甘蔗 ScTLP 家族基因的结构和功能积累了基础资料。

关键词
甘蔗(Saccharum spp.); 类甜蛋白;生物信息学分析;qRT-PCR;黑穗病菌

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《分子植物育种》印刷版
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