研究报告
陆地棉耐盐相关 SNP 筛选和鉴定 
王晓歌 
,
舒娜 ,
王俊娟 ,
陆许可 ,
陈修贵 ,
王德龙 ,
王帅 ,
郭丽雪 ,
陈超 ,
叶武威* 
,
舒娜 ,
王俊娟 ,
陆许可 ,
陈修贵 ,
王德龙 ,
王帅 ,
郭丽雪 ,
陈超 ,
叶武威*
中国农业科学院棉花研究所, 棉花生物学国家重点实验室, 农业部棉花遗传改良重点开放实验室, 安阳, 455000
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 22 篇
收稿日期: 2019年01月14日 接受日期: 2020年06月24日 发表日期: 2020年06月12日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 22 篇
收稿日期: 2019年01月14日 接受日期: 2020年06月24日 发表日期: 2020年06月12日
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摘要
盐胁迫是限制作物产量提高的一个主要非生物因素。棉花是盐碱地的先锋作物，研究棉花的耐盐性，筛选耐盐相关分子标记，对充分利用棉花的耐盐性及棉花耐盐种质鉴定有重要意义。在本研究中，我们对前期筛选到的 1 281 个耐盐相关候选 SNP 即 SNPr (SNP related to salt tolerance)进行分析，利用 BEDTools 软件获得位于基因上的 SNPr，并使用 AgriGO (http://bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/)和 KAAS (http://www.genome.jp/tools/kaas/)网站对这些基因进行GO和KEGG 分析。借助perl 编程，获得非同义SNPr。分析发现，1 281 个SNPr中，有353个位于基因上，其中247个位于基因外显子区，且有174 个是非同义 SNPr。从中选择 12 个非同义 SNPr，使用 CAPS/dCAPS 引物进行验证，并结合田间耐盐鉴定的结果，最终得到1 个与耐盐相关的SNPr。这个 SNPr 位于 CHD3/CHD4家族基因上，可能与盐胁迫过程中的表观修饰有关。
关键词
陆地棉(Gossypium hirsutum)；耐盐；70 K SNP 芯片
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