马继琼¹ , 孙一丁¹ , 杨奕 ¹ , 李进斌² , 许明辉^1*

1 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所, 云南省农业生物技术重点实验室, 农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室, 昆明,650223; 2 云南省农业科学院农业环境资源研究所, 昆明, 650205
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2019年01月09日    接受日期: 2019年02月21日    发表日期: 2020年04月30日

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为了解 2 350 份来源中国、日本和韩国粳稻品种(系)稻瘟病抗性基因 Pita 的分布，利用 2 个 KASP分子标记对该基因进行了检测，605 份材料表现有利，1 732 份不利，7 份为杂合，6 份不确定。在有利、不利和杂合三个群体中分别随机选取 316 份、101 份和 7 份材料，对 Pita 基因功能片段进行了测序分析，结果显示有利群体中 KASP 检测结果准确率为 95.89%，不利群体 100%，2 个 KASP 分子标记可以用来联合检测水稻种质资源的 Pita 抗性基因。根据 KASP 分子标记检测结果，在中国北方地方稻种中仅 0.69%品种携带 Pita 抗性基因，在中国 13 个省区市育成品种(系)和日本韩国外来稻种中均有一定的分布，频率 7.02%~55.81%，表明 Pita 基因在东亚地区范围内均得到了一定的应用，但各地区应用程度相差较大，其中中国吉林、辽宁、宁夏、浙江四省地区较高。通过 415 份材料 Pita 基因功能片段 609 个碱基序列的比较，仅发现 3 个变异位点(第 2 388 位, 第 2 752 位, 第 2 766 位)和 4 种基因单倍型，其中抗性基因仅一种单倍型(H1)，感病基因有三种单倍型(H2, H3, H4)，H2 为优势单倍型(84.84%)。本研究结果为开发和利用中日韩地区稻种资源和品种布局提供了依据。

水稻；Pita 基因；KASP 标记；序列分析