张润霖¹ , 夏岩石¹ , 卢宇鹏¹ , 李荣华¹ , 张华² , 郭培国 ^1*

1 广州大学生命科学学院, 作物抗逆国际合作研究中心, 广州, 510006; 2 广州市农业科学研究院, 广州, 510308
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 21 篇   
收稿日期: 2019年01月02日    接受日期: 2019年01月09日    发表日期: 2020年05月21日

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为解决菜心 SSR 标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题，本研究利用高通量测序技术，对‘四九 -19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组 Survey 测序，规模化开发多态性 SSR 标记。两个菜心材料分别获得55 649 657 个 和 59 300 433 个 Clean reads，分开拼接组装得到 430 483 个和 499 876 个 Contig。在两个材料的 Contig 中搜索到共有的 SSR 位点为 30 696 个，其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富，占总 SSR 位点的67%。分析比较发现，3 652 个(12%) SSR 位点在两份测序材料间具有潜在多态性，随机挑选 50 个 SSR 位点进行 PCR 扩增验证，48 对(96%)引物在 4 份菜心材料中扩增出清晰的条带，其中 31 对(62%)引物在两份测序样品间具有多态性，19 对(38%)引物在另两份菜心材料间具有多态性。结果表明，利用基因组 Survey 测序能开发 SSR 标记和开发具有多态性的 SSR 标记，本研究开发的多态 SSR 标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础。
 

菜心(Brassica campestris)；Survey 测序；SSR 标记；多态性