研究报告

大麦全基因组 WRKY 基因家族生物信息学分析  

毛成志1,2 , 王蕾1 , 孔豆豆1,2 , 王寒冬1 , 张怀刚1 , 沈裕虎1 , 徐金青1
1 中国科学院西北高原生物研究所, 青海省作物分子育种重点实验室, 中国科学院高原适应与进化重点实验室, 西宁, 810001; 2 中国科学院大学, 北京, 100049
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 1 篇   
收稿日期: 2018年12月05日    接受日期: 2019年01月20日    发表日期: 2020年02月12日
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摘要

WRKY 基因家族是一类含有 WRKY 保守结构域的转录因子,参与植物众多生理生化过程,在植物生长发育、代谢以及胁迫应答等过程中发挥重要作用。目前,已在多种植物中对 WRKY 转录因子进行了系统鉴定和分析,但是还未见有大麦 WRKY 基因家族系统筛选和鉴定的报道。本研究利用最新的大麦基因组数据,经生物信息学鉴定共得到 98 条大麦 WRKY 转录因子,其编码蛋白质序列长度为 117~676 aa。有 91 条可以定位到大麦 7 条染色体上并呈不均匀分布,3H 染色体上分布最多达 25 条,6H 上最少仅有 5 条。通过系统进化分析,大麦 98 WRKY 转录因子根据其保守结构域可分为组,各组分别有 10 个、52 个和 36个成员,其中组可进一步分成-a-b-c-d -e 5 个亚组。保守基序分析表明,大麦的 20 个保守基序中,有 6 个为 WRKY 结构域的保守基序,各组内部成员拥有一致的保守基序。本研究可为进一步开展大麦WRKY 基因的发掘与功能验证提供科学依据。

关键词
大麦(Hordeum vulgare L.);转录因子;WRKY 系统;进化分析

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《分子植物育种》印刷版
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