杨光 , 孙兰英^* , 段亚东 , 周双 , 张鹍 , 宋鹏慧

黑龙江省农业科学院浆果研究所, 绥棱, 152204
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 10 篇   
收稿日期: 2018年11月13日    接受日期: 2019年01月05日    发表日期: 2020年03月17日

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为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近，分析群体的遗传进化关系，开发特异性 SNP 标记。本试验选用 23 份栽培种树莓利用简化基因组测序技术 SLAF-seq 测序，以黑树莓(Rubus occidentalis)基因组为参考基因组进行酶切预测，对照选择粳稻(Oryza sativa spp. japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得 59.93 Mb 的读长数据，读长范围在 1 960 847~5 046 748 之间，对照数据的双端比对效率为 95.60%，酶切效率为 93.52%，测序质量值 Q30 平均为 95.07%，所有样品 GC 含量均值为 39.16%，共获得 425 402 个SLAF 标签，其中多态性的 SLAF 标签共有 121 610 个。获得 749 811 个有效单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphisms, SNP)，利用这些 SNP 对 23 份树莓材料完成系统进化树，群体的 PCA 分析，从群体结构分析结果发现这 23 份树莓都来源于同一祖先，只是在生长发育过程中发生了遗传分化。

树莓(Rubus corchorifolius)；简化基因组；测序；遗传分析