丛琨 ^1* , 朱新焰 ^1* , 石亚娜¹ , 付坚² , 王家金¹ , 钱均祥¹ , 季鹏章^1**

1 云南省农业科学院药用植物研究所, 昆明, 650203; 2 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所, 昆明, 650203
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18 卷, 第 23 篇   
收稿日期: 2018年10月23日    接受日期: 2018年10月30日    发表日期: 2020年05月18日

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为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系，开发特异性 SNP (Single nucleotide polymorphism)标记位点。实验通过对 4 种不同种或不同产地的同种天麻共 28 个样品进行 SLAF 测序，首次在天麻种质资源中得到 SLAF 标签并开发 SNP 标记，通过 De nove 测序技术，构建 SLAF 文库，利用 GATK 和 SAMTOOLS 技术开发 SNP 标记。共获得 75.95 M 高质量的 reads 数据，471 001 个 SLAF 标签，其中多态性 SLAF 标签19 675 个，并开发出 60 238 个群体 SNP。对 SNP 标记的分析的结果表明，作为主要栽培种的天麻(W)由于长时间的人工培育，也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异。另外，所有样品中 SNP 标记的杂合率普遍高于 20%，突出了天麻这一物种广泛的杂合性。而且，利用简化基因组测序技术 SLAF-seq 可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的 SNP 标记。
 

天麻(Gastrodia elata Bl.)；SLAF 测序；SNP 标记