研究报告
宝巾花基于转录组测序的 SSR 标记的开发和应用 
孙利娜 1,2 
,
林茂 2 ,
陈升侃 2 ,
孙开道 2 ,
陈尔 2 ,
李进华 2 ,
唐庆 2* 
,
甘四明 1,2*
,
林茂 2 ,
陈升侃 2 ,
孙开道 2 ,
陈尔 2 ,
李进华 2 ,
唐庆 2* ,
甘四明 1,2*
1 中国林业科学研究院热带林业研究所, 热带林业研究国家林业局重点实验室, 广州, 510520; 2 广西壮族自治区林业科学研究院, 广西优良用
材林资源培育重点实验室, 中南速生材繁育国家林业局重点实验室, 南宁, 530002
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 26 篇
收稿日期: 2018年09月30日 接受日期: 2018年10月10日 发表日期: 2020年06月17日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 26 篇
收稿日期: 2018年09月30日 接受日期: 2018年10月10日 发表日期: 2020年06月17日
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摘要
叶子花属(Bougainvillea Comm. ex Juss.)植物统称宝巾花，是重要的园林绿化树种，但尚未开发共显性、重复性好的分子标记。为了获得宝巾花的简单序列重复(simple sequence repeats, SSR)标记，并分析品种的遗传关系，本研究基于转录组测序(RNAseq)组装的 154 085 条非冗余序列，在 56 196 条序列(36.47%)中检测到基序为 1~6 个碱基的 SSR 共 60 39 个，SSR 的发生频率为 1 SSR/2.34 kb。共有117种SSR基序，数量最多的 3 种基序为 A/T (43 222个, 71.67%)、AT/AT (4 009 个, 6.65%)和C/G (1 727个, 2.83%)。随机选取重复基序为 2~6 个碱基的147 个SSR位点进行引物设计和合成，发现50 对引物
(34.01%)可有效扩增，其中16对引物(10.88%)在 18 个宝巾花品种中呈多态性，等位片段数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态性信息量(PIC)分别为 3~7 (平均 4.8)、0.17~1.00 (平均 0.525)、0.26~0.80 (平均 0.599)和 0.25~0.79 (平均0.544)。利用 16 个多态性的 SSR 标记分析了 18 个宝巾花品种的遗传关系，结果表明品种间的遗传相似性较高，聚类分析中被分为两类，所有品种均可有效鉴别。这有助于理解宝巾花转录组中的 SSR 类型和分布特征，也为宝巾花遗传变异研究提供了有效的标记资源。
关键词
宝巾花(Bougainvillea)；转录组测序；SSR；品种鉴定
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