研究报告

低温条件下蓖麻种子萌发期转录组分析  

白雪1,2* , 曹帅1* , 向殿军1 , 李兴1 , 刘鹏1,3**
1 内蒙古民族大学农学院, 通辽, 028042; 2 阿鲁科尔沁旗农业局, 赤峰, 024200; 3 内蒙古民族大学, 内蒙古自治区高校蓖麻产业工程技术研究中心, 内蒙古自治区蓖麻育种重点实验室, 内蒙古自治区蓖麻产业协同创新培育中心, 通辽, 028043
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2018年07月25日    接受日期: 2018年08月31日    发表日期: 2019年08月08日
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摘要

蓖麻(Ricinus communis L.)是一种冷敏感作物,解析其响应低温胁迫的关键调控基因,对于选育耐低温蓖麻品种具有重要的理论意义。以蓖麻耐低温品种‘通蓖 5 号’为材料,构建15(低温)25(适温)萌发条件下完全展开的子叶 cDNA 文库,利用 Illumina 测序技术进行转录组测序(RNA-Seq),筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)。结果表明:借助 RNA-Seq 技术共筛选到 1 530 DEGs,其中低温相对于适温表达上调的 DEGs 848 个,表达下调的 DEGs 682 个;对 1 530 DEGs 进行 GO 功能分类和富集分析显示,共有 953 DEGs 被注释到 GO 功能三大分类的 57 个亚类中,涉及生物学过程、细胞成分及分子功能的 DEGs 比例分别为 88.46%69.67%25.71%KEGG 功能分类显示,低温相对于适温表达上调的 DEGs 243 个,被富集到 201 个代谢通路中,其中显著富集的通路包括细胞周期、激素信号转导、DNA 复制、细胞周期 - 酵母、减数分裂酵母和孕酮介导的卵母细胞成熟等 20 个通路,差异基因数富集最多的代谢通路为细胞周期;利用 qRT-PCR 对上调表达且显著富集的 8 DEGs 进行了表达分析,证实了转录组测序结果的准确性。该研究将为揭示蓖麻种子低温条件下萌发的分子机制提供理论依据。
 

关键词
蓖麻(Ricinus communis L.);低温;萌发期;转录组

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《分子植物育种》印刷版
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