吴亚维^1,2 , 徐娟³ , 韩秀梅² , 张兴无² , 洪怡¹ , 文晓鹏¹

1 贵州大学生命科学院, 贵州大学农业生物工程研究院, 山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室, 贵阳, 550025; 2 贵州省农科院果树科学研究所, 贵阳, 550006; 3 华中农业大学, 园艺植物生物学教育部重点实验室, 武汉, 430070
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《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 8 篇   
收稿日期: 2018年04月02日    接受日期: 2018年05月08日    发表日期: 2019年02月20日

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为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异，挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用 IlluminaHiSeq 测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有 mRNA 进行高通量测序，所得序列经质控、组装后比对到 Nr (NCBI non-redundant protein sequences)、SWISS-PROT (an annotated protein sequence database)、Nt (NCBI nucleotide sequences)、KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)、COG (clusters of orthologousgroups)和 GO (gene ontology)数据库，并进行差异表达基因聚类分析和 KEGG 通路分析，对基于高通量测序拼接获得 Unigenes 进行 SSR (simple sequence repeats)位点分析。结果表明，测序共获得 74 033 个 Unigenes，其中有 42 606 个得到注释，‘紫红龙’和‘晶红龙’果肉差异表达基因 11 958 个，在‘紫红龙’果肉中分别有2 674 个基因上调表达、9 284 个下调表达，找到与甜菜苷代谢相关的差异表达基因 25 个，DODA、CYP76AD和 GT7 基因可能在火龙果甜菜苷调控中发挥正调控作用。通过 SSR 位点信息分析，从 74 033 个 Unigene 中
共检测到 15 770 个 SSR 位点，含 SSR 标记序列 12 988 个，出现频率最高的复基元为 AG/CT，共获得 6 562 条SSR 引物，按照 SSR 序列长度大于 20 bp 的标准筛选得到 1 291 条 SSR 引物。本研究结果可为火龙果果肉颜色形成机制的阐明及其遗传育种提供理论依据。

火龙果；转录组；差异表达基因；SSR