丁健 , 阮成江 , 吴茂宏 , 胡国钧 , 张绍阳 , 韩平

1 大连民族大学,生物技术与资源利用教育部重点实验室,大连, 116600; 2 铜仁科学院, 铜仁, 554300; 3 沿河县经济作物工作站, 沿河, 565300;4 铜仁学院农林工程与规划学院,梵净山特色动植物重点实验室,铜仁, 554300
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 20 篇   
收稿日期: 2018年06月06日    接受日期: 2018年07月08日    发表日期: 2019年05月23日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

为开发适用于空心李的目的基因 SSR分子标记。基于空心李果实中果皮转录组测序数据，利用Trinity软件组装 45 389 条 Unigene，其中 32 822 条获得功能注释。通过 KEGG 代谢通路分析发现 817 条Unigene 与碳水化合物代谢相关。利用 MISA软件在所有 Unigene中共检测到 9 797 个 SSR 位点，分布于7 963条Unigene中，其占总Unigene数的17.54%。优势重复基序为二核苷酸(占总SSR位点数的40.57%)、单核苷酸(39.34%)和三核苷酸(18.58%)。AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(32.40%)，三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.87%)。根据已注释的与果实品质(大小,糖和酸合成等)相关 Uningene序列，挖掘到47个目 的基因 SSR 分子标记，以‘李子王 30 号’空心李种质叶片基因组 DNA为模板对这些 SSR 标记进行有效性 验证， 39对引物能扩增出清晰条带，其中11对引物在 5份不同空心李种质中表现出多态性。开发的空心李目的基因 SSR标记为空心李种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。

空心李；RNA-seq；目的基因；SSR；分子标记